[速览]步骤14 数据库分析的准备

这里介绍进行多肽质谱指纹分析的常用搜索引擎浏览器上各项参数的作用（图2‐14‐。在进行数据库查询时可以考虑氨基酸的部分或完全修饰，例如，如果无法确定某一氨基酸残基的修饰量，或者根本无法确定是否存在对某一残基的修饰时，可选择部分修饰。在这种情形下，搜索引擎将用该氨基酸本身和修饰后氨基酸的质量分别进行搜索，如蛋白在进行第二向电泳时，由于电泳条件的影响甲硫氨酸残基易被氧化，致使甲硫氨酸残基的质量增加16Da，因此选择甲硫氨酸部分修饰就使得这两种形式都能被辨认出来。例如，如果物种为小鼠，如果在人和大鼠数据库中也进行搜索，就可能找到匹配的同源蛋白。