三、高效的SNP分析模式

用简单的算术方法计算出在复合测序中所需的一组基因分型引物的分子量，绘成表格，调整表格中引物的排序，以便进行后期分离，从而确保得到清晰的质谱结论。必须控制引物的最大最小长度，因为它影响着复合分析的整体设计。最小引物的长度最好为12～14个碱基，以确保热循环中退火时靶DNA成功地与引物结合，以及DNA多聚酶在反应中准确地辨认所结合的引物。利用靶DNA的序列或靶序列的12个或更多的碱基可得到长度不一的序列，然后再处理非模板链的5 ′末端便可达到期望的长度。完全利用模板链序列可以提高退火的温度和反应的特异性。热循环中典型的退火温度是37℃，因此，对于退火和随后的引物延伸来说，12～14个模板顺序碱基就足够了。