（三）在复杂疾病中的连锁研究

在一些病例中，经典的HLA组Ⅰ和组Ⅱ的基因已暗示在疾病中直接相关，如强直性脊柱炎（组Ⅰ）及Ⅰ型糖尿病、风湿性关节炎、腹腔疾病和发作性睡眠（组Ⅱ）。在一个小亚类的Ⅱ型糖尿病病例连锁研究中，已经鉴别出疾病中候选基因的作用，如胰岛素基因、胰岛素受体基因、葡萄糖激酶基因和在线粒体基因组中的基因。使用连锁研究，在针对复杂疾病的连锁结果中也可以在调查中见到异种基因，特别是族群间，且是被期望的。