利用logistic回归等参数模型分析,思路上较为直接,若位点数不多,实现也较为简单。但对于全基因组数据,分析基因-环境交互作用需要对每一个位点拟合一个回归方程,考虑到交互作用分析往往需要较多的样本,因而效率相对较低。而分析基因-基因交互作用,理论上需要对所有的位点对来拟合回归方程,并采用Bonferroni法校正检验水准,以控制Ⅰ类错误,但由于此时检验次数往往是一个天文数字,一方面导致穷举法的结果过于保守,另一方面对计算效率也提出了极高的要求。若位点总数极大时,则很难覆盖所有位点,因此有可能遗漏交互作用 ......