第六节 参数的选择

对比对的记分由得分与罚分两部分计算而得，不同的算法以及算法的不同运行主要只在于罚分的不同。罚分包含对空格进行罚分和对失配进行罚分。对失配进行罚分是根据第二节所介绍的不同的替换记分矩阵进行计算的，本节简单介绍与空格罚分有关的参数选择。某些比对软件专门使用了空格段的罚分，而通常的软件是使用两个参数，即引入和扩展一个空格分别用参数gap_open和gap_extend控制。BLAST程序的参数有搜索参数，包括字长（word size）、期望值E、空格罚分、替换记分矩阵、阈值、窗口尺寸（window size）等 ......