尽管目前大多数研究集中在益生菌及FMT治疗,一些研究已经提示肠道微生态改变可能是IBD发病过程中个体的一个固有特征,而这种特征可能与个体的发病和治疗效果密切相关。Gevers等在一项大样本队列研究中发现, CD患儿直肠黏膜相关的微生物组的独特性尽管略逊于回肠黏膜相关微生物组,但已经具备早期诊断CD的潜在能力。另一方面,饮食、营养、药物治疗、肠道微生态调节对IBD与肠道微生态可同时产生影响,结合患者的基因遗传背景,这些影响变得更为微妙和复杂。尽管已经有很多针对肠道微生物调节治疗的研究,如益生菌、 FMT , ......