军团菌在分类上属于军团菌科(family legionellaceae),由单一的军团菌属(genus legionella)组成。依DNA同源性、抗原性、代谢的不同分为不同的种,而根据细菌不同的表面标志又可分为不同的血清型和亚型。最近研究表明,已发现的军团菌属已有40余种60余个血清型。与人类疾病关系最密切的为嗜肺军团菌种(legionella pneumophila,Lp),已发现其有14个血清型。除Lp外,与人类疾病关系密切的尚有米克戴德军团菌(L micdadei,Lm)、波兹曼军团菌、杜莫夫军团 ......