衣原体是一类细胞内寄生具有独特的发育周期的微生物。根据其EB和RB形态、天然宿主、感染部位、16S rRNA和23S rRNA的差异、基因组大小、基因相似度、基因保守度、染色体外的遗传物质、膜蛋白的特性以及磺胺类和四环素类的抗性等表型、形态、遗传学特征和生长条件进行。故衣原体属共有9个种,即Ct、鼠衣原体(C ﹒ muridarum)、猪衣原体(C ﹒ suis)、鹦鹉热嗜衣原体(C ﹒ psittaci,Cps)、流产嗜衣原体(C ﹒ abortus)、豚鼠嗜衣原体(C ﹒ caviae)、猫嗜衣原体( ......