菌属水平上的军团菌鉴定较为简易,凡是属于革兰阴性杆菌、过氧化氢酶阳性、能在完全缓冲的炭酵母浸出液琼脂(BCYE)上生长,而在缺少补加的L‐半胱氨酸的相同培养基上不能生长的细菌,均可初步鉴定为军团菌属。但是除了嗜肺军团菌以外,菌种水平上的鉴定则较困难。最近有人报道了12种类似军团菌的变形虫病原体分离物16S r RNA基因序列,与典型的军团菌一样,这些细菌也能感染变形虫,表现感染生长的相同时期。尚有一些个别的军团菌菌种特异性探针则系针对嗜肺军团菌,L . micdadei和L . anisa,但只检查了非嗜 ......