第六节 软件、参数和比对质量

由于存在众多的多序列比对方法和软件，选择合适的软件既十分重要又常常不易。比对蛋白质、cDNA和RNA序列时一般选择全局比对，因为整个序列常常是一个功能单元，而比对DNA序列时应考虑glocal或syntenic比对，因为DNA序列中常常同时包含保守和非保守的区段。MSA不能比对超过500字符的序列，比对较长的DNA序列可用MAP2，而比对整条染色体甚至整个基因组时通常使用UCSC基因组浏览器和Ensembl基因组浏览器。最后，提一下VISTA系统，它的多序列比对子系统mVISTA包含了三个软件，即用于全局 ......