基因组DNA可以用简单的随机引物方法进行标记,例如用Gibco/BRL公司的Bioprime DNA标记试剂盒,也可以进行切口平移方法标记,标记的DNA可作为靶序列,进行比较基因组杂交。杂交反应还必须考虑杂交反应体系中盐浓度、探针GC含量和所带电荷、探针与芯片之间连接臂的长度及种类、检测基因的二级结构的影响等。由于探针和检测基因均带负电荷,因此影响它们之间的杂交结合,为此德国癌症研究院的Jorg Hoheisel等提出用不带电荷的肽核酸(PNA)做探针效果更好。杂交过程中,探针DNA的量必须是靶标基因的十 ......