第四节 局部比对、glocal比对和syntenic比对

前面介绍的比对多个基因和蛋白质序列的方法大部分都是全局比对，其共同特征是序列中所有对应字符均假定可以匹配，所有字符具有同等的重要性，空格的插入是为了使整个序列得到比对，包括使两端对齐。与之不同的是，局部比对不假定整个序列可以匹配，重在考虑序列中能够高度匹配的一个区段，可赋予该区段更大的计分权值，空格的插入是为了使高度匹配的区段得到更好的比对，相应的基本动态规划法算法是Smith-Waterman算法。当多个序列长度相当且高度相似时，全局比对和局部比对给出基本相同的结果。否则，全局比对和局部比对可产生非常不 ......