转录因子通常特异性地结合于基因转录起始位点上游的启动子区来调控基因的转录。胚胎干细胞通过细胞内一些重要转录因子调控干细胞增殖和分化关键基因的表达水平,来维持未分化特性。2005年Laurie A ﹒ Boyer采用一种染色质免疫沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)结合启动子区芯片分析的技术,系统分析了上述转录因子调控ES细胞的靶基因群。在半数以上Oct3/4结合的靶基因启动子区,同时结合有Sox2,而且在> 90%的Oct3/4和Sox2结合区,同时结合Nanog, ......