二、渐进多序列比对

渐进多序列比对（progressive multiple alignment）以及后面介绍的许多多序列比对方法都基于使用动态规划法的配对比对。渐进多序列比对首先使用动态规划法构造全部k个序列的个配对比对，然后以计分最高的配对比对作为多序列比对的种子，按计分高低依次选择序列，逐渐向已构造的多序列比对中加入序列，形成一个树状结构的多序列比对结果。渐进多序列比对需要三个步骤：第一，使用动态规划法构造每个序列的配对比对，包括Cluster W在内的许多比对算法在这一步使用距离矩阵而不是相似性矩阵来描述序列间的关联 ......