目前大多数已知的医学真菌属于真菌界中子囊菌纲(Ascomy‐cetes,如酵母菌)、半知菌纲(Deuteromycetes,如青霉属、曲霉属、假丝酵母)及接合菌纲(Zygomtcetes,如毛真菌、根真菌)。早期的真菌分类主要是基于表型特征,现代分子生物学知识的积累和技术的发展则显示从核酸水平进行分类更为科学,例如已将放线菌划归细菌门,卡氏肺囊虫划归真菌门。如球孢子菌、副球孢子菌、皮炎芽生菌、孢子丝菌及马尔尼菲青真菌等,隐球菌则属于真正的酵母菌型增殖。在真菌细胞质内,有复杂的细胞器如内质网、高尔基体、线粒 ......