三、迭代法

在渐进多序列比对中，一个序列一经加入构造的比对结果其配对比对便不再重新处理，因此对在渐进比对过程中发现的错误或不适当的记分没有机会进行更正，这提高了比对的运行效率但牺牲了准确性。当起始的比对处理是较远距离的序列时，其蕴含的错误对多序列比对的影响尤其严重。一类称作迭代法的方法能够克服渐进多序列比对的这个不足。迭代法的基本过程是先用渐进多序列比对产生一个初始结果，再对序列的不同子集进行反复比对并利用这些结果重新进行多序列比对，目标是改进多序列比对的总计分值。使用MUSCLE以及缺省参数对上述六个蛋白质序列的比 ......