应用角蛋白、波形蛋白、白细胞共同抗原和S-100蛋白可大致将癌、肉瘤、恶性淋巴瘤和恶性黑色素瘤区分开来。用以诊断和分类(神经)内分泌肿瘤或确定非内分泌系统肿瘤异常激素分泌功能。如软组织颗粒细胞瘤曾被认为起自肌母细胞,免疫组织化学显示瘤细胞表达S-100蛋白,结合电镜显示神经膜细胞(施万细胞)分化证据,现已知为周围神经的良性肿瘤。如用免疫球蛋白轻链κ和λ来鉴别反应性滤泡增生(κ + / λ +)还是滤泡性淋巴瘤(κ + / λ-或κ-/ λ +)。应用细胞增生活性标记物(如Ki-67)或癌基因蛋白产物(c- ......