治疗必须根据个人条件而定,但是在外科手术的问题上的保守原则应作为治疗关键原则。保守治疗失败和有合并症的病例可考虑手术治疗。许多病例仅通过得当而充分的肛门卫生,就可以使腹泻的症状得到控制,达到控制目的的药物治疗包括柳氮磺吡啶5‐ASA、激素、免疫抑制剂,饮食治疗包括全胃肠外营养、要素膳以及肠道休息。口服甲硝唑对肛周Crohn病病人也有一定的好处,可作为肛周化脓灶引流的长期辅助治疗方法。保守疗法的治愈率为40%~60%,复发率为20%~60%,而外科手术处理的治愈率在78%~100%,复发率在10%~3.5% ......