第五节 比对的统计学显著性

本章前面说过，同源是根据相似性判断的，而两个序列的相似性是用比对算法精确计算的。实际上，当比对软件产生一个表明两序列高相似的高记分后，人们需要用统计方法检测两序列是真匹配（真阳性，即两个比对的序列是真正同源的）还是假匹配（假阳性，即它们碰巧相配）。如果两个序列因为比对记分低于某个阈值而被报不匹配，人们也需要知道这是真失配（真阴性，即真正不相关）还是假失配（假阴性，即属于同源序列但比对记分低于假定的同源性的要求）。由于比对结果需要统计检验，在设计比对算法时，一个重要的问题是尽可能提高比对的敏感性（sensi ......