目前采用的方法有:代表性差异分析、共有序列PCR、cDNA文库筛选。这些方法的共同特点是:实验是在核酸分子水平上进行,不必分离、培养整个病原体。即只需找到病原体特异性的核酸片段,然后通过随机引物向两端延伸、探针杂交等方法,找出病原体的某个或某些基因,甚至病原体基因的全序列,再把所得到的序列与现有的基因数据库进行比对,确定该病原体与哪些病原体的核酸序列同源性最大,以确认其在种系发生上的位置。随着越来越多的病原体被发现,越来越多的原因不明疾病的病因被澄清,有可能改变我们的一些观念,如:病毒的起源、病原微生物的 ......