结构基因功能的研究也可在RNA水平上进行,通过干预蛋白质的翻译过程或减少蛋白质的产量来分析基因的可能功能。目前在RNA水平上分析基因功能的方法主要有两类,一类是反义RNA封闭mRNA的功能,另一类是RNA干涉(RNA interference,RNAi)使基因处于沉默状态。除了用RNAi技术研究一些关键基因的功能外,也有人在哺乳动物细胞中探索了用siRNA在基因组水平上筛选基因的表达,可见,RNAi技术也正在成为筛选成百以至上千基因的工具。内部RNAi机制的可能功能包括:抗病毒作用,调控基因的表达,染色质 ......