三、转录因子结合位点的定位

上面主要介绍如何从可能被共同转录因子结合的基因启动子序列中寻找相似的转录因子结合位点的问题，而有些研究中人们只关心某一个或几个基因受哪些已知的转录因子调控，这种情况下可以搜索目标基因的启动子区中包含哪些已知的转录因子结合位点。这类根据已知的转录因子结合位点模体搜索其可能结合位点的问题，称为转录因子结合位点的定位。转录因子结合位点通常只有几个到十几个碱基长，这么短的序列片段在基因组上随机出现的概率很大，况且转录因子对其结合位点的识别并不要求完全匹配，这些因素都导致了转录因子结合位点定位问题中假阳性率较高。图 ......