型分泌系统基因存在于所有的衣原体基因组中。其中Ct的Ⅲ型分泌系统基因由3个基因簇组成,第一个基因簇与耶尔森菌的ysc J、ysv L、ysc R、ysc S、ysc T基因同源,ysc基因涉及Yop蛋白的分泌。第二个基因簇为处在同一条链的6个相邻基因,包括了ysc N、fli N、ysc C基因,一个丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶编码基因和分泌蛋白Gsp DEF、Lcr H的编码基因。第三基因簇为分泌蛋白Ysc U、Syc E和2个低钙反应蛋白Lcr D、Lcr E等的编码基因。 ......