（二）序列类似性检索

20世纪80年代以来，随着核酸和蛋白质序列数据库的快速发展，序列类似性检索已成为DNA和蛋白质测序之后的常规操作。因此，序列类似性检索成为继数据库记录检索之后使用最多的序列分析作业。蛋白质序列类似性检索比DNA序列类似性检索更能发现序列间的同源关系，这是因为：①一条DNA序列仅由4个碱基（A、C、T、G）组成，而一条蛋白质序列由20个氨基酸残基组成，它随机配对的概率明显大于DNA序列。Blast以序列碱基对准方式显示类似性检索结果，按碱基实际对准形式逐一列出查询序列（Query）与数据库中序列（Sbjct ......