单胺氧化酶抑制剂的不良反应一般较其他抗抑郁药更多见。发生率较高的不良反应包括头痛、口干、失眠、便秘、视力模糊、恶心、周围性水肿、遗忘、眩晕、外伤、排尿困难、乏力和肌痉挛。服用异卡波肼时,可出现体重和食欲的下降。在维持治疗时,最初可能出现的不良反应包括体重增加、水肿、肌紧张、嗜糖类症状、性功能异常、维生素B 6缺乏、低血糖症、轻躁狂、尿潴留和定向障碍。当患者出现感觉异常时,临床上需鉴别周围性神经疾病和维生素B 6缺乏,通常患者在用MAOIs同时合并使用维生素B 6可预防其发生。有甲状腺功能亢进的患者使用MAOIs时会出现更严重的不良反应,这与MAOIs可使血中单胺升高有关。
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