单胺氧化酶抑制剂的不良反应一般较其他抗抑郁药更多见。发生率较高的不良反应包括头痛、口干、失眠、便秘、视力模糊、恶心、周围性水肿、遗忘、眩晕、外伤、排尿困难、乏力和肌痉挛。服用异卡波肼时,可出现体重和食欲的下降。目前使用的单胺氧化酶抑制剂在肝脏毒性方面的发生率较异丙异烟肼要少,但肝脏的某些酶,如丙氨酸转氨酶、天门冬氨酸转氨酶有3%~5%患者出现升高。当患者出现感觉异常时,临床上需鉴别周围性神经疾病和维生素B 6缺乏,通常患者在用MAOIs同时合并使用维生素B 6可预防其发生。