由于疾病的发生和发展、药物的作用大多在蛋白质水平上进行,而m RNA和蛋白质的关系在结构和动力学上是高度非线性的,如蛋白质的糖基化和磷酸化在m RNA水平是无法判断的,m RNA和蛋白质在体内具有不同的半衰期。而我们对基因表达谱结果的解释往往是以蛋白质功能为基础,这就可能产生偏差。因此,应用基因芯片方法通常需要与其他方法如蛋白质组学方法、常规生理、生化、药理学等方法相结合。