以自动化显微成像和图像分析为基础的高内涵筛选技术可通过细胞形态学变化来表征化合物对细胞功能的影响。最近,有人将高内涵筛选技术与化合物的化学结构信息、计算机靶点预测技术相结合,建立了一种新的诠释高内涵筛选所获得的巨量图像结果的生物学意义的方法[ 29 ]。作者进一步对化合物的结构与功能关系研究表明,化合物生物活性的细胞学表征与其所对应的作用靶点具有更加密切的相关性。因此,高内涵筛选与其他相关技术的结合,在高效获得生物活性化合物的同时,还能阐明化合物的构效关系与作用机制。