该类固定相的手性分离机制,是由于它们含有酰胺基或羧酸酯基,可与手性分子中的活泼基团通过氢键缔合,形成非对映异构体缔合物。由于氢键作用的强弱以及空间位阻的差异,形成非对映异构体缔合物的难易程度以及稳定性也不同,即固定相与对映体的作用力不同,使对映体通过色谱柱的速度有差异,从而实现对映体的分离。手性氨基酸衍生物固定相与对映体间的作用,除了氢键作用外,还存在其他作用,如偶极‐偶极相互作用、色散力等。