质谱仪器是由离子源、质量分析器和离子检测器三大部分及进样系统、真空(1 ﹒ 33 × 10 - 4 Pa)、供电及数据系统组成的。在这几部分中,离子化源和质量分析器是两个中心部件,也是发展得最快的两个方面。不同离子源和质量分析器相匹配,就基本确定了质谱仪的工作方式。如ESI离子源通常与四极杆、离子阱质量分析器相匹配,而基质辅助的激光解吸离子化源通常与飞行时间飞行器相结合,即所谓的MALDI‐TOF质谱仪。