多肽是复杂的大分子,因此每条多肽序列在物理和化学特性上都有各自的特性,有些多肽合成很困难,有些多肽虽然合成相对容易,但纯化困难。减少肽链长度:肽链长度增加会导致粗产物纯度降低,小于15个氨基酸残基的多肽比较容易得到较高纯度的初产物。缩短或加长肽链:某些肽链含有大量疏水氨基酸,如Trp、Phe、Val、Ile、Leu、Met、Tyr和Ala等,疏水残基大于50%时通常难于溶解。通过置换一个或多个氨基酸残基改变序列:肽链的溶解性可通过改变序列内某些残基来改善。其原理是:在同一多肽的亲水和疏水氨基酸残基间创造新的更好的平衡,或将同一多肽内的“困难”残基(如两个Cys)放入两个不同的多肽而不是集于同一分子内。
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