亚细胞结构的分离浓集是亚细胞蛋白质组研究的重要环节。差速离心结合密度梯度离心法分离纯化亚细胞结构在细胞生物学领域应用广泛。而对特定亚细胞结构的分离方法在多年前已有报道如突触囊泡和细胞核富集的操作流程。分步抽提法不仅能在常规蛋白质组研究中较大地增加抽提蛋白质的数量,而且在亚细胞蛋白组分离中也得到广泛应用。Borderies等在研究模式生物拟南芥细胞壁蛋白质中采用分步抽提法。由于不同的生物体细胞性质各异,同一方法在不同细胞中使用效果也不同,因此没有一种针对特定亚细胞结构的通用分离方法。同时对于目前采用的亚细胞组分的分离方法的分离效果还要通过其他方法进行检验:一般是通过检测其标志物如特征性酶的浓度来实现。
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