作为辅酶参与凝血因子Ⅱ(凝血酶原)、Ⅶ、Ⅸ、Ⅹ及抗凝蛋白PC(蛋白C)和PS(蛋白S)的转化,这些因子亦称维生素K依赖性蛋白。当维生素K缺乏时,上述因子合成就停留于前体状态,将导致凝血障碍,使凝血酶原时间、凝血时间延长,进而易引起出血。巴曲酶含有类凝血酶和类凝血酶激酶,主要是通过裂解纤维蛋白原A2链的作用,生成纤维蛋白I单体和纤维肽A,然后在凝血酶的作用下,迅速在出血部位形成纤维蛋白凝血块而止血,同时在血管内纤溶酶作用下迅速将纤维蛋白I降解,因此不会引起血栓和血管内凝血等不良反应。