消化道黏膜内存在着各种消化酶和肠内细菌丛产生的酶,它们对食物有消化作用,又能使药物尚未吸收就在消化道内发生代谢反应而丧失活性。在胃内和小肠内远端含有少量的微生物,菌群的浓度向着大肠末端逐渐上升,其中大肠是细菌最多的区域,且主要为厌氧菌,相应的药物代谢反应主要为还原和水解反应。