利用分子的三维结构信息进行药物分子设计已经成为药物化学领域一项常规的技术。依据所依赖结构类型的不同(受体的三维结构或者配体的三维结构),药物设计的方法又可以分为两种:基于受体结构的药物设计方法和基于配体结构的药物设计方法。药效团模型方法就是一种十分杰出的基于配体结构的药物分子设计方法。