抗凝治疗在肺栓塞治疗中有重要地位。肺栓塞初始抗凝治疗的目的是减少死亡及再发栓塞事件。考虑未治疗患者较高的死亡率,在怀疑肺栓塞的患者等待进一步确诊过程中即应进行抗凝治疗。与治疗深静脉血栓栓塞相似,快速抗凝只能通过非口服形式给药,如静脉普通肝素,皮下注射低分子肝素或皮下注射磺达肝素。由暂时或可逆性危险因素导致的肺栓塞患者推荐抗凝时程为3个月,对于不明原因的肺栓塞患者建议抗凝至少3个月,对于再次发生的不明原因的肺栓塞患者建议长期抗凝。