光谱法主要用于蛋白亲和力强的药物的测定。其中,荧光法广为应用。试验中,将特异性的荧光标记物标记于白蛋白或α‐酸性糖蛋白上,通过测量药物蛋白结合物的克分子荧光度可定量估计出药物蛋白结合常数。核磁共振(NMR)能获得接近生理状态下生物大分子溶液的三维结构信息及其动力学行为,其中杂核多维NMR方法提供的结构信息量最大,复杂程度也最高。将质谱法和核磁共振法联用,能对药物‐蛋白的结合作用进行多层次、全方位研究,可同时获得配体的亲和势、化学计量学及结构相关信息。