患者的口腔分泌物和尿液中可检测出该药.神经病理学研究发现神经系统损害的程度与药物剂量有相关关系.氯碘喹可导致动物亚急性脊髓‐视神经‐神经病,给予放射性标记氯碘喹后,可在实验动物的周围神经、脊髓后索等亚急性脊髓‐视神经‐神经病部位发现高浓度标记氯碘喹。有的学者推测可能与金属离子在神经组织内积蓄有关。认为,该药进入体内后改变了细胞膜对金属离子的通透性,使一些金属离子在神经组织内积蓄,导致神经细胞变性甚至死亡。