CE在肽分析中的应用已从小的合成肽和普通的低分子蛋白酶消化产物的分离分析,发展到大的重组肽和实际样品的酶消化产物的分析。蛋白质中氨基酸的组成以及其实际顺序,需要非常纯的单一肽馏分,因此CE也被用来作为微制备的工具,收集微量的单一肽馏分。但是,在蛋白质分析中,仍有几个问题比较明显:一是蛋白质之间的相互作用,二是吸附,三是稳定性。