基因连锁是指位于同一染色体上多态位点相近的等位基因一起遗传给子代的现象。如果亲属间大多数人含有标记的等位基因,而不是少数几个,这就表明标记的基因可能位于易感基因座。以这种方式还可以判断出基因组中染色体异常互换的位点。但是这种技术准确性一般局限于单个染色体中比较大的区域,还需进一步研究使其精确范围缩小到某个基因。