急性出血性眼结膜炎尚无特效药,局部可选用抗RNA病毒或广谱抗病毒药,如利巴韦林、干扰素、0.1%碘苷(疱疹净)、4%吗啉胍眼药水滴眼。合并细菌感染时可给予抗菌药物治疗。有并发症者,则给予相应的治疗和护理,以减少后遗症的发生。