这里所描述的由单个碱基延伸测序所得到的数据用基因分型软件是很容易处理的。在这种模式中只需要输入各个反应所需的基因分型引物的序列即可。在自动化的波谱获取过程中,原始质谱首先利用作为内标的、一个或多个基因分型引物的分子量进行校准,然后通过一系列特定的高峰检测参数的处理,波谱便形成了高峰记录表。基因分型的得分可再根据数据中许多可测量的特性来进行分级。