将生物学网络与药物作用网络整合,分析药物在网络中与节点或网络模块的关系,由寻找单一靶点转向综合网络分析,就形成了网络药理学。为进行网络药理学分析,研究人员通过整合基因组学、转录组学、代谢组学和蛋白质组学等层面的数据,先后建立了多种网络药理学分析模型,包括药物与靶点蛋白二部图模型,基于转录组学的药物基因调控网络,细胞信号通路模型,代谢途径模型,蛋白质相互作用网络。药物靶标由分子靶点转向复杂的疾病网络,从而产生新的治疗疾病的方法和策略。