由于中间体是在原料药合成过程中产生的,一般情况下中间体会或多或少地被带入到产物中去,而且中间体常常会具有和产物相同或类似的基团或特征。例如阿司匹林的合成过程中,可能带入未反应的酚类,同时生成副产物苯酚、醋酸苯酯、水杨酸苯酯和乙酰水杨酸苯酯等。噻吩及其衍生物这一类重要的药物中间体,由于噻吩刺激皮肤,与之接触会引起皮炎,溅入眼内会刺激眼睛,对造血系统亦有毒害。为降低危害到最低点,要对此类产品严格控制,目前,气相色谱法已被应用于噻吩、2‐乙酰噻吩和3‐噻吩甲醛等的含量测定。