离子交换色谱‐反相液相色谱是根据电荷和疏水性差异,对蛋白质混合物酶解所得的复杂多肽混合物进行离子交换色谱分离后,对收集的馏分再进行反相液相色谱分离,进而通过MS/MS对多肽进行序列分析,最后与基因组翻译的蛋白质序列进行比对,确定多肽所对应的蛋白质。3),进样到强阳离子交换色谱柱,以阶梯方式增加盐的浓度,依次将某一馏分直接洗脱并进样到反相液相色谱柱上,洗脱除盐后,线性增加乙腈浓度,对在反相液相色谱柱上保留的组分进行梯度洗脱分离,用MS/MS对分离的馏分进行鉴定,得到不同多肽的序列。该技术可以同时适应各种简单或复杂的蛋白质混合体系,提高了分离效率和分析通量,适应面相当广。
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