最常见的病原菌是葡萄球菌(金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌),其次是肠杆菌科细菌(大肠埃希菌、肠杆菌属、克雷伯菌属等)。新入院的病人,携带的细菌一般比较单纯,但若在病房逗留数日或更长时间,即可能在皮肤、黏膜表面定植了病房所固有的其他的耐药病原菌如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)和凝固酶阴性葡萄球菌(MRCNS)、铜绿假单胞菌、不动杆菌等,使手术后感染的细菌谱变得复杂。