单一的蛋白质可以通过以低亲和力同时与复合物的几种不同成分相互作用,从而强烈结合到多蛋白质复合物上。诱饵蛋白与已经确定的搭档蛋白共表达,可能提供一种支持更强相互作用的界面,从而确定更多的复合物成员。Chiu等首先描述了用FKBP12诱饵,会同纳巴霉素从文库中确定RAPT1蛋白。结果显示,这种相互作用依赖于纳巴霉素的存在。这类双杂交系统应用中的主要限制在于酵母对所选择的一个三元小分子的通透性。