结构确定的样品应有明确的来源,是通过稳定的生产工艺获得,并经过专门的精制过程。该过程对固体通常是重结晶,对液体为精馏。检测纯度的办法可用各种定量分析方法,如化学的滴定法或HPLC、GC的归一化法等。在结构确定时,对仿制药物,使用来源可靠的对照品进行平行测定,证明新药的结构与对照品完全相同,有较大的说服力。所有的对照品都应采用和自己结构确定的样品的同样的方法,来精制和确定纯度。