万古霉素过敏患者禁用。由于取样时间、测定方法、血药浓度与毒性反应之间的关系尚未完全确定,万古霉素的血药浓度测定没有能够像氨基糖苷类抗生素那样得到普遍认可。与麻醉药合用时,万古霉素的某些毒性反应增强,两者必须同时用,则应在诱导麻醉之前结束万古霉素的滴注。由于万古霉素口服吸收少,不良反应少见,但存在炎性消化道症状时还是应该小心,因为此时机体对药物的吸收会增加。