天然药物成分复杂,不管是单味药还是复方,都是一个复杂的化学成分库,在发挥作用时各化学组分之间相互协同或者相互抑制,造成作用途径的多样化和作用结果的复杂化。利用功能蛋白质组学技术,分析经这些单味药或复方药处理过的组织、细胞或体液表达的蛋白质组,并比较治疗前后蛋白质组的表达差异、鉴定其中发生相应变化的蛋白质,从蛋白质组水平上对天然药物的多环节、多靶点调整作用进行研究,可揭示天然药物单方、复方的作用机制。